中国神经科学研究院，作为推动新千年基础科学研究的重要战略步骤和作为知识创新工程中的一个试点，中国研究院于 1999 年 11 月 27 日成立了神经科学研究所，地址设于上海。神经所目前拥有三十二个研究组，主要的研究领域为分子、细胞和系统神经生物学。研究所将以每年两到三个研究组的速度招募新的研究组组长，最终至 2020 年达到 50 个研究组的目标。每个研究组由不超过五名的工作人员与数目不等的研究生和博士后组成。多数研究组与国内外的同行有合作研究，长期合作者被聘为神经所的客座研究员。中国科学院、国家科技部、基金委等对研究所的资助，使研究所研究人员的经费和仪器设备接近国际标准。由著名神经生物学家组成的国际顾问委员会，为神经所的体制、科研工作提供了十分重要的建议。定期的国际同行对每个研究组的学术评估为保证提高研究所的整体水平起到了积极的推动作用。
神经科学研究所将致力于神经科学基础研究的各个领域，包括分子、细胞和发育神经生物学、系统和计算神经科学、以及认知和行为神经科学。研究所的宗旨是建立一个现代化研究所的机制，提供一个有助于严谨科研工作，高效科研产出，良性科研合作的环境，实现以业绩为准的激励和资助评估系统，以及为研究生和博士后提供高质量的专业训练。
研究院中的神经科学研究小组自成立以来就不断为祖国神经科学事业奋斗，汇聚了国内最权威、最经验丰富的专家学者，他们不断开拓，使得中国神经科学研究院神经系统功能研究渐渐追逐世界的脚步，并于美国西北大学建立长期战略合作。研究院对神经结构和功能的研究是对人类认识世界、认识自我的最终挑战，神经科学将是 21 世纪最活跃的前沿基础学科。过去的几十年医疗科学研究在发达国家得到了迅速的发展, 中国医学研究都在对接国际的先进水平。在上海成立神经科学研究所为中国神经科学家提供了一个立足于本土以及与国际同行竞争的新机会。
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